南京所現有在職職工719人，其中中國工程院院士1名、高級職稱173人、博士199人、碩士398人。享受國務院政府特殊津貼11人，國家“百千萬”人才1人，環(huán)境保護專業(yè)技術領軍人才及青年拔尖人才14人，形成了一支以知名專家為引領、各領域科研骨干為依托、青年科技人員為主體的創(chuàng)新人才隊伍。

建所以來，共完成大、中型項目千余項，在國內外重要學術期刊上發(fā)表論文3200余篇，出版專著140余部，獲得國家發(fā)明和實用新型專利1000余項，獲國家和省部級科技進步獎85項。“十三五”期間，全所共主持制訂并由國家相關部委頒布實施的國家環(huán)境保護標準、技術規(guī)范、技術政策等200余項。

南京所主辦的《生態(tài)與農村環(huán)境學報》(月刊)系生態(tài)環(huán)境部主管的中文核心期刊，學術影響一直在我國環(huán)境保護領域期刊中名列前茅，南京所與聯(lián)合國環(huán)境署、世界自然保護聯(lián)盟等10多個國際組織，以及美國、德國、荷蘭、挪威等30多個國家開展了廣泛的科研項目合作和人員交流。南京所和南京大學聯(lián)合創(chuàng)辦英文期刊Eco-Environment & Health，期刊以“大健康”理念為核心，關注生態(tài)、環(huán)境與健康的交互作用；重點聚焦生態(tài)與生物多樣性保護，新污染物的環(huán)境歸趨與生物過程，人體暴露與健康效應，環(huán)境風險的評價、管理與調控四個方向。

建所以來，南京所始終秉承“團結、奉獻、求實、創(chuàng)新”的所訓，積極參與國家和地方重大科研項目，已成為我國環(huán)境科技界的一支重要力量，為國家環(huán)境管理決策和深入打好污染防治攻堅戰(zhàn)提供了有力的科技支撐，為各地的生態(tài)建設和污染防治提供了全方位的技術支持和服務。